Αρχική » Εκπαίδευση » Μαθήματα » Β’ Εξάμηνο

Β’ Εξάμηνο

 

Υπολογιστική Ανάλυση Ακολουθιών Βιομακρομορίων

Εξάμηνο: B’

Τύπος Μαθήματος: Υποχρεωτικό

Περιεχόμενο Μαθήματος

  • Εισαγωγή – Ακολουθίες Πρωτεϊνών και DNA
  • Μέθοδοι εύρεσης ομοιοτήτων σε ακολουθίες: Ομολογία και ομοιότητα ακολουθιών και η σημασία τους. Οι αλγόριθμοι δυναμικού προγραμματισμού, Ολική στοίχιση (Global Alignment) και ο αλγόριθμος των Needleman και Wunsch, τοπική στοίχιση (Local Alignment) και ο αλγόριθμος των Smith και Waterman. Υπολογισμός της στατιστικής σημαντικότητας της στοίχισης. Οι πίνακες ομοιότητας και η σημασία τους. Οι ποινές για τα κενά. Ευρετικές μέθοδοι για αναζητήσεις ομοιοτήτων σε βάσεις δεδομένων (BLAST, FASTA κτλ)
  • Πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών: Πολυδιάστατοι αλγόριθμοι δυναμικού προγραμματισμού. Ευρετικές μέθοδοι πολλαπλής στοίχισης ακολουθιών (CLUSTAL, DIALIGN, MULTALIN κτλ). φυλογενετικά δέντρα και πολλαπλές στοιχίσεις
  • Αλγόριθμοι πρόγνωσης στηριζόμενοι στην ακολουθία πρωτεϊνών και DNA: Εμπερικές στατιστικές μέθοδοι. Μέθοδοι ομαδοποίησης (Clustering). Nευρωνικά Δίκτυα. Ηidden Markov Models. Γενετικοί αλγόριθμοι. Εφαρμογές των μεθόδων αυτών για: Πρόγνωση δευτεροταγούς δομής πρωτεϊνών και RNA Πρόγνωση διαμεμβρανικών τμημάτων πρωτεϊνών και προσανατολισμού τους Εύρεση πιθανών γονιδίων σε ακολουθίες DNA Πολλαπλές στοιχίσεις ακολουθιών με χρήση Hidden Markov Models (HMMER, SAM, HMM-Pro κτλ) Κατάταξη ακολουθιών σε οικογένειες
  • Χαρακτηρισμός μοτίβων και περιοδικοτήτων σε αλληλουχίες πρωτεϊνών και DNA Σχολιασμός Πλασμιδίων και βακτηριακών γονιδιωμάτων
  • Εισαγωγή στη Θεωρητική και Υπολογιστική Γονιδιωματική : Γονιδιώματα, οργανισμοί και εξέλιξη Γλωσσολογικά χαρακτηριστικά του γενετικού μηνύματος Αποκλίσεις από την τυχαιότητα στις συχνότητες ν-αδων στο γονιδίωμα Η ανάδυση της ζωής. Προ- και πρωτο-βιωτική εξέλιξη
  • Ανάλυση βακτηριακών γονιδιωμάτων: Το παράδειγμα των οξυγαλακτικών βακτηρίων
  • Ανάλυση μικρών γονιδιωμάτων: Το μιτοχονδριακό DNA στους μύκητες

Υπεύθυνος Μαθήματος

  • Επικ. Καθ. Β. Οικονομίδου

 Διδάσκοντες

  • Αναπλ. Καθ. Π. Μπάγκος
  • Επικ. Καθ. Β. Οικονομίδου
  • Δρ. Ι. Αλμυράντης
  • Επικ. Καθ. Β. Κουβέλης
  • Δρ. Κ. Παπαδημητρίου
  • Δρ. Μ. Θεοδωροπούλου

 

Υπολογιστική Ανάλυση Δομών Βιομακρομορίων

Εξάμηνο: Β’

Τύπος Μαθήματος: Υποχρεωτικό

Περιεχόμενο Μαθήματος

  • Εισαγωγή – Οι δομές των βιομορίων – Μέθοδοι προσδιορισμού
  • Αναγνώριση “διπλώματος” (fold recognition)
  • Ταίριασμα (υπέρθεση) δομών στο χώρο Συγκριτική προτυποποίηση με ομολογία – “Ύφανση” (Comparative homology modelling – threading)
  • Προτυποποίηση (modelling) της πρωτεϊνικής στερεοδιάταξης με μοριακή μηχανική και δυναμική
  • “Αγκυροβόληση” (docking) υποκαταστατών (ligands) σε πρωτεΐνες – Σχεδίαση φαρμάκων
  • Δομική αναγνώριση (“αγκυροβόληση”- docking) πρωτεϊνών-πρωτεϊνών
  • Μέθοδοι αξιολόγησης ποιότητας δομών –Μέθοδοι ελέγχου γεωμετρίας δομών

Υπεύθυνοι Μαθήματος

  • Καθ. Κ. Βοργιάς

 Διδάσκοντες

  • Ομοτ. Καθ. Σ. Χαμόδρακας
  • Επικ. Καθ. Β. Οικονομίδου
  • Καθ. Κ. Βοργιάς
  • Δρ. Ν. Χ. Παπανδρέου

 

Γλώσσες Προγραμματισμού και Εργαλεία Λογισμικού στη Βιοπληροφορική ΙΙ

Εξάμηνο: Β’

Τύπος Μαθήματος: Υποχρεωτικό

Περιεχόμενο Μαθήματος

ΜΕΡΟΣ Ι ΓΛΩΣΣΑ JAVA

  • Οργάνωση σε κλάσεις και αντικείμενα
  • Θεμελιώδεις κλάσεις Java, Applets και μικροεφαρμογές
  • Στοιχεία γραφικών και interfaces, Κατανεμημένοι υπολογισμοί, JavaBeans
  • Εφαρμογές της JAVA στην Βιοπληροφορική

ΜΕΡΟΣ ΙΙ ΓΛΩΣΣΑ PERL

  • Βαθμωτά δεδομένα (scalars), λίστες, πίνακες, συμβολοσειρές.
  • Δομές ελέγχου. Υποπρογράμματα και πέρασμα παραμέτρων. Ευρετήρια (hashes). Είσοδος/έξοδος.
  • Διαχείριση κανονικών εκφράσεων (regular expressions), Aναζήτηση και ταύτιση προτύπων (pattern matching).
  • Εφαρμογές της PERL στην Βιοπληροφορική

Υπεύθυνος Μαθήματος

  • Καθ. Κ. Βοργιάς

 Διδάσκοντες

  • Καθ. Κ. Βοργιάς
  • Δρ. Ζ. Ι. Λίτου
  • Δρ. Ι. Χαμόδρακας
  • Δρ. Μ. Θεοδωροπούλου
  • Δρ. Γ. Τσαούσης

 

Μοριακή Αναγνώριση – Μοριακές Ασθένειες – Δομικός Σχεδιασμός Φαρμκων

Εξάμηνο: B’

Τύπος Μαθήματος: Υποχρεωτικό

Περιεχόμενο Μαθήματος

  • Δομικά στοιχεία βιομορίων: Διαστάσεις και περιβάλλον των βιομορίων
  • Αλληλεπιδράσεις μεταξύ βιομορίων: Κατηγορίες αλληλεπίδρασης μεταξύ πρωτεϊνών, και μεταξύ πρωτεϊνών και νουκλεινικών οξέων
  • Μοριακή Αναγνώριση: Σταθερές σύνδεσης και αποχωρισμού, Ενέργεια σύνδεσης, Παράδειγμα Μοριακής Αναγνώρισης, Τρόποι σταθεροποίησης εγκλεισμένων ιοντικών φορτίων. Εντροπικοί όροι στη δημιουργία συμπλοκών. Βαθμοί Μοριακής Αναγνώρισης- Αναγνώριση Υψηλής Πιστότητα. Εξέλιξη και Μοριακή Αναγνώριση. Αλληλεπίδραση πρωτεϊνών
  • Ενεργειακή ανάλυση αλληλεπιδράσεων: Μοριακή Μηχανική. Εισαγωγή στη μεθοδολογία του «απ’ αρχής» διπλώματος της πρωτεΐνης. Η Εμπειρική συνάρτηση Δυναμικής Ενέργειας, Ελαχιστοποίηση της δυναμικής ενέργειας. Οι επιφάνειες δυναμικής ενέργειας. Ενθαλπία και Εντροπία. Μοριακή Δυναμική
  • Η κυτταρική μετατόπιση των πρωτεϊνών: Η λειτουργία του ενδοπλασμα-τικού δικτύου. Αναγνώριση στόχου και σηματοδότες προορισμού.
  • Το δίπλωμα των πρωτεϊνών – Μοριακοί ακόλουθοι: Νέες απόψεις για το δίπλωμα με ή χωρίς ενδιάμεσες καταστάσεις. Η σημασία της τοπολογίας του μορίου. Μοριακοί ακόλουθοι
  • Βιολογικές Μεμβράνες και Μεμβρανικές Πρωτεΐνες: Σύνθεση και δομή βιολογικών μεμβρανών. Μεμβρανικές πρωτεΐνες. Δομή μεμβρανικών πρωτεϊνών. Οικογένειες Μεμβρανικών Πρωτεϊνών. Κανάλια και υποδοχείς
  • Σχεδιασμός Φαρμάκων: Μεθοδολογία, Σχεδιασμός φαρμάκων με βάση την δομή του στόχου. Προβλήματα – Αντίσταση των μολυσματικών ασθενειών και του καρκίνου στους θεραπευτικούς παράγοντες
  • Χημική Μεταβίβαση Σήματος: Συνήθεις μοριακοί μηχανισμοί για μεταβίβαση σημάτων. Ορμόνες, νευρομεταδότες, τοπικοί χημικοί μεσολαβητές, Μεταβίβαση σήματος στις μεμβράνες και το κυτόπλασμα. Στεροειδείς ορμόνες και οι υποδοχείς τους. Φερομόνες

Υπεύθυνος Μαθήματος

  • Καθ.Ε. Μικρός

 Διδάσκοντες

  • Δρ Ν. Χ. Παπανδρέου
  • Δρ. Ζ. Ι. Λίτου
  • Δρ. Μ. Ζερβού
  • Δρ. Θ. Καλογεροπούλου
  • Δρ. Ι. Μιχαλόπουλος

Μεθοδολογία της Έρευνας

Εξάμηνο: B’

Τύπος Μαθήματος: Υποχρεωτικό

Περιεχόμενο Μαθήματος

  • Επιστήμες, Επιστημονικός κλάδος και επιστημονική έρευνα
  • Βιολογική Έρευνα και ο ρόλος του βιοπληροφορικού. Η Βιοπληροφορική ως επιστήμη.
  • Δεοντoλογία και ηθική στην επιστημονική έρευνα και ειδικότερα στις Βιολογικές επιστήμες
  • Πώς γράφονται, αξιολογούνται και δημοσιεύονται τα αποτελέσματα μιας έρευνας στον επιστημονικό τύπο (περιοδικά, συνέδρια κ.λ.π).
  • Επιλογή επιστημονικού περιοδικού (πηγές, πληροφορίες, οδηγίες προς συγγραφείς, σύστημα κριτών, αξιολόγηση των περιοδικών)
  • Είδη άρθρων (ανασκόπηση, γράμματα κ.λ.π.). Δομή μιας ερευνητικής εργασίας (περίληψη, εισαγωγή, υλικό και μέθοδος, αποτελέσματα, συζήτηση)
  • Αξιολόγηση μιας εργασίας με το σύστημα κριτών. Πώς απαντάμε στα σχόλια των κριτών

Υπεύθυνοι Μαθήματος

  • Καθ. Κ. Βοργιάς

 Διδάσκοντες

  • Καθ. Κ. Βοργιάς
  • Ομοτ. Καθ. Σ. Χαμόδρακας
  • Αναπλ. Καθ. Π. Μπάγκος
  • Δρ. Ζ. Ι. Λίτου